Pour revenir à ta question de départ, sur la taille de la CM, mini ITX peut suffire largement pour une utilisation perso avec 6 slots SATA.
ça permet aussi d'avoir des boitiers beaucoup plus petits.
maintenant, si tu as de la place et que tu veux plus de 6 slots SATA, va pour microATX.
Ensuite, pour la marque de la CM, c'est effectivement une question de prix, mais également de disponibilité. C'est assez compliqué d'avoir une supermicro à un prix de type US en France...Du coup, je me suis personnellement posé la question l'année dernière quand j'ai monté ma config et mon choix s'est porté sur la miniATX d'AsRock. Au bout d'un an, je suis très satisfait de ce choix et c'est très bien pour ce l'usage perso que j'en ai.
Pour ton transcodage plex, et ton proc, c'est d'abord un choix budgétaire avant tout (proc + watts consommés au bout de plusieurs années).
J'ai pris l'i3 Haswell après de longues hésitations avec un Xeon et bien m'en a pris !
Le i3 fait largement son job pour plex, avec un transcodage live sans lag : changement de bitrate en 1080p (de 10M à 8M par exemple) avec ou non du resampling du son (DTS en simple stereo par exemple).
Pour la rapidité de conversion pour la synchro smartphone, c'est bien sûr bien plus lent qu'un i7 overclocké (testé sur une autre machine non serveur), mais c'est bien suffisant : on est en 11x si ce ratio te parle pour passer de 720p à haute qualité smartphone.
Enfin, en moyenne, je suis à 99% d'idle.. avec 5 machines connectées+time machines+plex+d'autres plugins...
donc le i3, c'est presque même too much... pour de l'usage domestique.