СтОит. FreeNAS разработан для загрузки с флешки/SSD. Использовать загрузочный диск, кроме загрузки системы, не получится. Есть возможность при инсталляции сделать зеркало на двух флешках/SSD, файловая система - zfs. В случае отказа одной флешки работа продолжится на второй.
При необходимости берутся новые флешки, инсталлируется система и накатывается ранее сохраненный конфиг - FreeNAS работает в прежней конфигурации, данные доступны.
Не забыть только перенести System Dataset с флешки на дисковый массив: System>System DataSet> выбрать в ниспадающем меню.
Я, после нескольких сбоев на флешках, выбрал SanDisk Ultra 32 Gb, USB 3.0, две штуки в зеркале.
Все это описано в документации
http://doc.freenas.org/11/intro.html#the-operating-system-device
и на форуме
https://forums.freenas.org/index.php?resources/hardware-recommendations-guide.12/